La Junta de Gobierno (Junta) fue creada en el año 2013 como un cuerpo independiente y autónomo que gobierna el sistema de 11 unidades que componen la Universidad de Puerto Rico (UPR). Previo a su creación, éstas responsabilidades estaban a cargo del antiguo Consejo de Educación Superior (CES)  y la anterior Junta de Síndicos (JS).

La Junta es responsable por la formulación de las directrices que regirán la orientación y el desarrollo de la Universidad, examinar y aprobar las normas generales de funcionamiento propuestas por los organismos legislativos y administrativos de ésta, de conformidad con la Ley de la Universidad y supervisará el funcionamiento de la institución.

La Junta representa el interés público en la Universidad, velando por la protección de la Universidad contra intereses politico-partidistas, o cualquier otro que menoscabe su autonomía, contra tendencias anti-intelectuales que se manifiesten en contra de la libertad académica, la promoción de la conciencia crítica y el desarrollo pleno de las virtudes del estudiantado.

Está compuesta por 13 miembros, que conforme a la Ley de la Universidad son: un estudiante regular de bachillerato; un estudiante regular de un programa graduado de la Universidad; dos profesores con nombramiento permanente en el sistema universitario; el Secretario de Educación, con carácter ex officio; un profesional con amplio conocimiento y experiencia en el campo de las finanzas; un residente de Puerto Rico que ha participado con distinción en el liderato social y comunitario; cinco residentes de Puerto Rico destacados en saberes artísticos, científicos y profesionales; y, un ciudadano residente en Puerto Rico, vinculado a las comunidades puertorriqueñas en el exterior.  Además, en virtud de las disposiciones del Articulo 16 de la Ley Núm. 2 de 2017 conocida como Ley de la Autoridad de Asesoria Financiera y Agencia Fiscal de Puerto Rico (AAFAF), el Director Ejecutivo de esa agencia, o su designado, sera miembro de la Junta de Gobierno de la UPR debido a que la UPR es una entidad cubierta bajo la Ley federal PROMESA, según determinación de la Junta de Supervision Fiscal.

Exceptuando a los dos representantes estudiantiles y los dos representantes claustrales, que son elegidos por sus pares en la institución, y el representante de AAFAF, los demás miembros de la Junta de Gobierno son nombrados por el Gobernador con el consejo y consentimiento del Senado. Los miembros de la Junta de Gobierno desempeñan sus cargos por términos escalonados fijados en la Ley de la Universidad y hasta que sus sucesores sean nombrados y tomen posesión.

Los miembros actuales de la Junta de Gobierno durante el año fiscal 2024-2025 son: