La Ley de la Universidad de Puerto Rico establece los siguientes deberes y atribuciones indelegables de la Junta de Gobierno:

1. Aprobar el plan de desarrollo integral de la Universidad y revisarlo anualmente.


2. Autorizar la creación, modificación y reorganización de recintos, centros y otras unidades institucionales universitarias; de colegios, escuelas, facultades, departamentos y dependencias de la Universidad, pero no podrá privatizar, enajenar ni abolir las unidades institucionales autónomas existentes al momento de aprobarse esta ley, sin previa autorización de Ley.


3. Disponer la creación y eliminación de cargos de funcionarios auxiliares del Presidente de la Universidad.


4. Autorizar la creación y eliminación de cargos de decanos que no presidan facultades.


5. Aprobar o enmendar el Reglamento General de la Universidad, el Reglamento General de Estudiantes, el Reglamento de Estudiantes de cada recinto, el Reglamento del Sistema de Retiro y cualquier otro reglamento de aplicación general, sujeto a las disposiciones de la Ley de Procedimiento Administrativo Uniforme, Ley Núm. 170 de 12 de agosto de 1988, según enmendada.


6. Resolver las apelaciones que se interpusieren contra las decisiones del Presidente, de la Junta Universitaria y de la Junta de Apelaciones del personal técnico administrativo en el sistema universitario.


7. Nombrar, en consulta con los senados académicos u organismos equivalentes de las respectivas unidades, al Presidente de la Universidad, a los rectores de los recintos universitarios y de cualquiera otra unidad autónoma que se cree dentro del sistema universitario y que por su condición la Junta de Gobierno determine que debe ser dirigida por un Rector. Tales funcionarios ocuparán sus cargos a voluntad de la Junta. La Junta de Gobierno deberá evaluar la labor de cada uno de los mencionados funcionarios en cada término no menor de dos (2) años, ni mayor de cuatro (4) años de la incumbencia de éstos. La referida evaluación será por escrito, discutida con cada incumbente y formará parte del archivo correspondiente de la Junta de Gobierno.


8. Aprobar el nombramiento del Director de Finanzas de la Universidad de Puerto Rico.


9. Considerar y aprobar el proyecto de presupuesto del sistema universitario que someta el Presidente anualmente, aprobar y mantener un sistema uniforme de contabilidad y auditoría para el uso de los fondos de la Universidad conforme a la ley y los reglamentos. Cuando a la terminación de un año económico no se hubiese aprobado el presupuesto de la Universidad correspondiente al año siguiente en la forma dispuesta en la Ley de la Universidad de Puerto Rico, regirá el presupuesto que estuviere en vigor durante el año anterior.


10. Rendir anualmente al Gobernador y a la Asamblea Legislativa un informe acerca de sus gestiones y del estado y finanzas de la Universidad.


11. Adoptar normas respecto a los derechos y deberes del personal universitario, y fijar sueldos y emolumentos a los funcionarios de la Universidad nombrados por la propia Junta de Gobierno.


12. Crear y otorgar distinciones académicas por su propia iniciativa o a propuestas de los Senados Académicos.


13. Establecer el procedimiento para la sustitución temporal de funcionarios universitarios.


14. Adoptar un reglamento interno.


15. Mantener un plan de seguro médico y un sistema de pensiones para todo el personal universitario, el cual incluirá un plan de préstamos sin interponerse a los poderes de la Junta de Retiro.


16. Organizar su oficina, nombrar su personal y contratar los servicios de los peritos, asesores y técnicos necesarios para ejercer las facultades establecidas en esta Ley y hacer las asignaciones necesarias a tales fines. El personal de carrera de la anterior Junta de Síndicos será transferido a la nueva Junta de Gobierno, y conservará todos los derechos, privilegios y obligaciones adquiridos.


17. Establecer normas generales para la concesión de becas y cualquier otra ayuda económica en el sistema universitario público.


18. Elaborar mecanismos que conduzcan a la mejor transición entre los programas de las escuelas superiores del país, especialmente las públicas, y los programas de la Universidad, de manera que los alumnos y las alumnas del país se formen en un ambiente conducente a la formación universitaria.


19. Autorizar la creación de corporaciones subsidiarias o afiliadas para ofrecer servicios a la comunidad universitaria y al pueblo de Puerto Rico.


20. Atender cabalmente los requerimientos de las entidades acreditadoras, las regionales y las propias, entre ellas, el Consejo de Educación de Puerto Rico la “Middle States Commission on Higher Education”, y las que ofrecen acreditaciones profesionales particulares.


21. Atender cabalmente los requerimientos de entidades e instrumentalidades públicas del Estado Libre Asociado de Puerto Rico o del gobierno de los Estados Unidos de América que puedan otorgar fondos a la Universidad o darle asistencia para el desarrollo de programas.


22. Asegurar que la Universidad de Puerto Rico sirva de fuerza vinculante entre nuestro país y el resto del mundo.


23. Promover, a tenor con las prácticas aceptadas en las mejores instituciones universitarias del mundo, la sostenida vinculación de los egresados de la Universidad con su Alma Mater, procurándose, como fruto de esta vinculación, los debidos respaldos económicos para la Institución.


24.  Velar por el sano mantenimiento y la actualización de las infraestructuras universitarias, tanto constructivas como tecnológicas, prestando particular atención al patrimonio arquitectónico del cual es depositaria.